进入正化年间（始自1989年），为了改善混乱堕落的社会风气，日本政府颁布《媒体良化法》，并成立特殊部门对所有可能影响世人身心健康的书籍进行查封与销ccc。可与此同时，言论自由也遭到粗暴遏制和打压。为了捍卫自由思想，名为“图书馆自卫组织图书队”的组织应运而生，他们为了保护书籍拿起武器，许多人为此献出生命。高中时代曾被视为“王子大人”的图书队员相助，热血女孩笠原郁（荣仓奈奈饰）决意加入图书队，可是负责训练她的二等图书正堂上笃（冈田准一饰）似乎总有意刁难笠原，而女孩依旧凭借自己的努力成为一名图书特殊部队成员。在接下来的日子里，笠原和堂上教官、同期手冢光（福士苍汰饰）的友情和信任日益加深。未过多久，左右言论自由的重大事件到来，图书队和媒体良化队宿命的战争拉开大幕……本片根据有川浩的“图书馆系列”的第一部改编。